微波是一种高频率的电磁波，其本身并不产生热。在宇宙、自然界中到处都有微波存在，但由于自然界中的微波不集中，故不能加热食品。
微波炉是利用其内部的磁控管，将电能转变成微波，以2450 MHz的振荡频率穿透食物来进行加热的。当微波被食物吸收时，食物内的极性分子(如水、脂肪、蛋白质、糖等)会以每秒24.5亿次的频率快速振荡，使得分子间互相作用而产生大量热。
因为微波炉的加热方式与明火加热方式不同，鸡蛋在微波炉中加热时，由于外壳和内膜的阻碍，会导致内部水蒸气无法释放到外界。水蒸气越积越多的情况下，鸡蛋内部会因压力过大，发生爆炸。所以微波炉不能用来加热一些带有膜壳或外皮的食物，比如鸡蛋、板栗等，而如果想要加热带外皮或膜壳的食物，需要打破或剥掉外壳，才能放入微波炉中。
除了鸡蛋，微波炉也不能用来加热水。因为微波炉加热水的原理是基于水分子的振动，在加热过程中，水在容器内不会大量地流动。当微波炉中的水到达沸点后，也不会发生沸腾，这样的水被叫作超热水。咖啡等粉末状的物质会诱导超热水在短时间内沸腾，热水会立即涌出，轻则烫伤，重则发生爆炸 。
除了这些，使用微波炉的注意事项还有很多。比如布类、报纸、再生纸类物品等易燃物品也不可以放入微波炉中加热;使用微波炉时，不能让其空转，这是因为没有食物或水分在炉内吸收能量时，微波能量会不停地在炉内反射。